Birnengitterrost - den meintest du doch, Andreas? - befällt aber nur die Birne, nicht den Apfel, es handelt sich um eine spezifische Krankheit, die nur aus dem Austausch Wacholder/Birne besteht.
Eine Mangelerscheinung ist es mit Sicherheit!
Wo genau steht dein Baum? Sehe ich das richtig, ist das ein Gewächshaus? Steht der Baum drin oder draussen? Hat das Gewächshaus ein Fundament und der Baum ist direkt vor der Wand eingepflanzt? Oder steht der Baum im eingegrabenen Topf? Wie gross ist der?
Wenn draussen: Bei dem Wurzeldruck wird sich auch Säulenobst nie richtig entfalten können, auch Eulen brauchen starke Wurzelballen, damit sie nicht beim kleinsten Kindchen kippen. Das gleiche gilt für Topfbedingungen.
Wenn drin: Ein Gewächshaus ist wunderbar, aber ich verstehe nicht so ganz, wie ein Apfelbaum sich da gut entwickeln soll... Die Feuchtigkeit und die geschlossenen Atmosphäre begünstigen jede Pilzentwicklung.
Wenn Topf: Wie gross ist der Topf und hast du die Sorte nach Gewächshaus- oder Kübelkultur ausgesucht?
Eine Schwäche ist es auf jeden Fall, vielleicht hast du dir aber tatsächlich zusätzlich einen Pilz eingehandelt, hoffentlich eher eine Blatt- als eine Baumkrankheit (was allerdings nicht das Überleben sichert...)
Mein erster Gedanke war Schrotschuss, aber der befällt v.a. Steinobst, kaum Apfelbäume.
Mit grösster Wahrscheinlichkeit handelt es sich um
Apfelschorf, genauer Blattschorf. Gerade junge Pflanzen sind besonders anfällig. Was dagegen spricht, ist die Farbe der Blätter: Schorfblätter verfärben sich eher schwarz als braun-gelb, teilweise ist es aber auch Sortenabhängig.
Eine relativ neue Krankheit ist
Marssonina aus Asien; die Krankheit beginn mit Punkten, dann gelben Blättern und zum Schluss Blattabfall.
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Ob du nun auf Pilz behandelst oder nicht: Biete deinem Säulenobst ausserdem eine andere Umgebung, dann hast du die besten Chancen, dass sie sich erholen...