@Alpenwelt
Da hat entweder das Steueramt gepennt oder Dein Treuhänder ist eher ein Treuhändler... denn:
Das Steueramt geht in dem geschilderten Fall regelmässig von einer sog. verdeckten Gewinnausschüttung aus, da Du Dir in Deiner Position als Firmeninhaber (sei das nun eine EF oder eine juristische Person) ein Recht herausnimmst, das Du einer unabhängigen Drittperson niemals geben würdest, hier konkret die Gratismiete.
Steuerliche Konsequenz: Das Steueramt nimmt den Betrag, welcher ein Dritter für die Miete bezahlen müsste ("at arms length") und behandelt dies wie eine Dividendenausschüttung. Da Du als Firmeninhaber allerdings keine Ausschüttung gemeldet hast, wird Dir zusätzlich noch die Verrechnungssteuer aufgerechnet, die Du dann allerdings nicht zurückfordern kannst. Privat wird die Dividende natürlich dann als Einkommen besteuert, bei einem EF-Inhaber kommt die AHV hinzu resp. wird darauf berechnet.
Somit grundsätzlich nix mit "kein Gewinn zu versteuern", zumindest nicht, wenn keine werterhaltenden Kosten oder Abschreibungen in genügender Höhe mehr geltend gemacht werden können.
Wenn Du die Liegenschaft oder die Firma (geht natürlich nur bei einer juristischen Person) verkaufen willst, kommt es betreffend der Grundstückgewinnsteuer dann darauf an, ob die Liegenschaft in einem Kanton steht, der das sog. monistische oder dualistische Steuersystem kennt. Je nachdem zahlst Du bei einer EF dann AHV resp. Einkommenssteuer auf den wiedereingebrachten Abschreibungen oder sonst auf dem Gewinn aus dem Verkauf. Auch hier gilt wieder, Steuern vermeiden nicht möglich.
Fazit: So simpel ist das leider nicht, und Kosten vermeidet man dadurch in der Regel auch nicht. Ist auch daran zu erkennen, dass man die Konstellation, wo eine Privatperson eine selbstbewohnte Liegenschaft via einer EF oder juristischen Person hält, äusserst selten antrifft.