Wenn die Drainage durch den Untergrund gewährleistet ist, funktioniert das genau so gut. Stehen die Hochbeete aber auf dichtem Material, würde ich eher davon absehen.
So oder so muss man damit rechnen, dass eine feste unterste Schicht das Wasser länger speichert und das Holz im untersten Bereich schneller fault. Und: Das Absacken findet verlangsamt dennoch statt, die Erde verdichtet sich jedes Jahr ein wenig mehr, entsprechend entfällt die Belüftung und der Abfluss - und oben muss zwar weniger, aber trotzdem aufgefüllt werden.